Trama de la Segunda Temporada de Prison Break...

La segunda temporada comienza siete horas después del final de la primera temporada, cuando el plan principal fracasa y tiene que recurrir a otro plan. Por suerte Michael tenía preparado todo en caso de que fracasara el plan principal.Nick Savrinn es asesinado y Verónica descubre la casa donde está escondido Terrence Steadman, pero es asesinada también por uno de los agentes encargados de la seguridad del propio Steadman. Un personaje más se une a la serie, Alexander Mahone que es un agente del FBI encargado de la búsqueda y captura de los ocho fugados.Durante la segunda temporada, cada uno sigue la fuga por su lado sobreviviendo como puede. John Abruzzi es engañado e intentando matar a la persona que hizo que la encarcelaran, el FBI le encuentra, al no querer rendirse muere intentando disparar a Mahone.Los que quedan no tardan en coincidir en Utah, en concreto en O’Tooele, donde hay enterrados $5millones, el dinero de DB Cooper.Las cosas se complican, al final solo T-Bag consigue el dinero y los demás huyen porque están a punto de ser capturados. Cada uno sigue por su lado, Lincoln va a buscar a su hijo y lo lleva con su padre, que tiene los recursos suficientes para protegerle. Michael por fin conoce a su padre y junto con Lincoln y Sucre van a tomar un avión a México. En el camino Mahone dispara a Aldo y éste muere. Esto provoca que Michael y Lincoln dejen de querer huir y empiecen a luchar así que Sucre se va a México y Michael y Lincoln se quedan en América.Paul Kellerman, es despedido del complot y ya no cuentan con su ayuda incluso ordenan matarle. Kellerman, demuestra ser inteligente una vez más y se da cuenta del plan de su muerte; Mahone es el encargado de ejecutar el plan, pero Kellerman se adelanta y dispara sobre Mahone. Luego salva a Michael y Lincoln de la policía y juntos huyen para luchar contra la vicepresidenta. Kellerman les comenta a los dos: “President Reynolds ruined your life. She ruined my life. You wanna take that bitch down?”, refiriéndose a ella.Kellerman se va con los dos hermanos a buscar a Terrence Stedman para demostrar la inocencia de Burrows y el complot de la ya presidenta de los EE UU y la compañia. En el camino hacia Terrence Michael y Burrows deciden aparecer en television para decir que Burrows es inocente y para concertar una cita de manera sobreentendida con Sarah. Una vez que Kellerman, Michael y Burrows encuentran a Terrence este quiere acabar de una vez con lo que esta pasando y se suicida, puesto que le quitaron el ADN, los dientes y le quemaron las huellas el cuerpo muerto de Terrence no les sirve de nada y tienen que huir una vez mas. Cuando por fin se encuentran Michael y Sarah esta reconoce a Kellerman porque intento matarla cuando aun trabajaba para el gobierno y hay una conflicto entre los cuatro. Michael, Burrows, Kellerman y Sarah llegan a Chicago para ir a recoger lo que se esconde dentro de la caja que abre la llave de Sarah, resulta ser una grabación que podria demostrar la inocencia de Burrows, pero la grabación no tiene validez ante un juez asi que tendran que buscar otra manera de demostar su inocencia. También dejan a Kellerman de lado, ya que Sara le tiene mucha cólera por lo que le hizo. Mientras Bellick tiene que ir a por Sucre que acaba de encontrar a Mari Cruz y se van a vivir a casa de la tia de él. Por otro lado Benjamin se entregó a la policia haciendo un trato con Mahone, él pedia que le den un tratamiento a su hija que padece de una enfermedad, y que liberen a su esposa que fue arrestada por la policia dias antes; y todo eso a cambio de ayudarle a encontrar a Michael. Pero "La Compañía" le ordenó a Mahone matar a Benjamin,pues ya no les era útil, porque al parecer, Michael estaba muy cerca de ellos; entonces Mahone le propone a Benjamin que se ahorque a cambio del bienestar de su familia, y este lo hizo. Los polis le cogen y no lo dejan morir. Por otro lado, Michael consige hablar con Caroline en un mitin, que tabién vigila Kellerman.Le chantajea con una cinta que tiene grabada una conversación con Terrence, después de que Lincoln lo "matara". Le pide el perdón presidencial para él y Linc. Mahone pilla a Sara sola en la habitación.